Несмотря на распространённое мнение, не все НИИ осуществляют исключительно научную деятельность.
Сейчас многие из них вполне успешно сочетают одновременно и теоретическую деятельность, и практическую. Например, при биологических и медицинских НИИ сейчас часто работают те или иные компании медико-биологической направленности.
Также при НИИ часто действуют различные клиники и консультативные медицинские центры. И их деятельность полностью оправдывает себя. Так, клиники при НИИ вполне успешно принимают пациентов на коммерческой основе и зарабатывают деньги. При этом в клиниках или консультативных центрах имеются прайс-листы, на основе которых ведётся приём пациентов. В таких центрах работают высококвалифицированные врачи, в том числе доктора наук.
НИИ в середине XX в. стали главной из форм организации научной деятельности во многих странах. НИИ и научные центры создавались тогда ввиду необходимости решать многочисленные сложные междисциплинарные научные задачи. Но на сегодня наука в России уже не так успешно развивается, и поэтому, к сожалению, в настоящее время некоторые НИИ хотят закрыть.
В СССР НИИ открывались при министерствах, а также крупных учебных заведениях.
Они представляли собой основную организационную форму обеспечения прогресса науки.
Выпускники технических отделений вузов тогда часто распределялись в НИИ. В настоящее время многие НИИ сохранились, хотя наукой они занимаются меньше.